2016年，南通产业技术研究院获省台办批准设为“江苏省台湾青年创业就业基地”。台湾青年创业就业基地众创空间“青创E站”被科技部认定为“国家级众创空间”，大学科技园被省经信委认定为“省级互联网众创园”，被南通市人社局认定为“十佳品牌创业孵化基地”，产研院被崇川区认定为“平台十佳”企业。完成国家级孵化器创业中心和国家大学科技园免税资格复核工作。
基地先后成立了南通智慧建筑产业技术协同创新联盟，成功举办智慧建筑国际创业大赛，智性科技实现产值2000万元，累计申请专利7项，其中发明专利3项，实用新型4项；智能装备产业与国家增材委形成3D打印产业基地合作意向，成功孵化了晶化生物有限公司，慧金智能科技有限公司完成谐波减速器产品研发，并参与机器人用精密齿轮装置检验方法国家标准的制定，共申请专利5项。“智能结构工程实验室平台”已申请发明专利6项，获得实用新型专利6项，“工业机器人研发平台”研发的机器人控制模块已实现产业化，生产150套。“无中心智慧建筑控制技术实验平台”已完成示范楼宇的搭建。同时，基地还加快了产业发展研究中心建设，在产业规划、行业分析研究、项目可行性论证等方面咨询服务能力，对接市委各部委办局，收集《市级经济工作相关部门推进“3+3”重点产业工作方案》以及各产业发展报告，加强南通市产业用纺织品发展课题的研究。
2016年，基地新增“慧金智能科技”机器人减速机研发项目、“伴个月亮”烘培连锁项目、”吉而好”文化创意项目等5个优质台湾创业项目，全年吸引40名台湾青年进入园区创业就业。产研院构建了完善的金融扶持体系，其中由麻省理工学院杨登贵博士在台商中发起的天使基金、分别向已取得研发成果的高刚性谐波齿轮减速器、室内3D定位、裸眼3D、冰雾节能肿瘤精准医疗等项目注入投产资金。基地还发起成立南通科技街区双创联盟，推动科技园区、大学校区、公共社区、商贸街区的融合发展，打造一个没有围墙的智慧型创新创业街区，形成区域性科技创新创业的新集聚。与南通大学合作开展FAB LAB实验室开放日活动，联合南通青年创客联合会开展两期“创赢新青春”大学生公益创业训练营活动，举办企业经营法律风险检查与防范实务讲座、营改增培训讲座、市金融办专题讲座、区科协“设计思维与科技创新”报告会。
基地先后由台湾中华创新资源整合发展协会、台湾青年企业家团、电电公会、台湾文化创意联盟等组织和单位分别派团来基地交流，交流人数达到90人，其中台湾青年绽星计划交流团45人。
为加快基地建设步伐，适应新形势下发展需要，按照现代企业制度的规范和要求，基地以“管理职能部门化、业务职能公司化”为指导思想，进一步规范机构设置，人员配备，将原有组织架构调整为“四部二中心”：综合事业部、战略发展部、资产管理部、财务管理部、创新中心、创业中心。加强对各个部门和入驻企业的监督和管理，招聘了7名员工，出台了《台湾青年创业就业基地负责人履职待遇、业务支出管理实施细则（暂行）》、《台湾青年创业就业基地“三重一大”决策制度实施办法》、《关于进一步明确南通台湾青年创业就业基地各项收费及优惠政策的通知》等制度。《南通产业技术研究院管理办法》还专门制定了台湾入驻青年管理的各项规定，提高规范管理效率，增强基地发展动力。
